Smalininkai – vienas seniausių Mažosios Lietuvos miestų. Smalininkų istorinė dalis yra linijinio plano. Nemuno gatvė užstatyta daugiausia 1–2 aukštų pastatais. Mieste išlikęs uosto statinių kompleksas: vandens matavimo stotis – 18 pakopų laiptai su keturiais sparnais ir matuokliais (įrengta 1811 m., perstatyta 1888 ir 1926 m.; seniausia Lietuvoje), geležinkelio stoties pastatas (XX a. pirmasis dešimtmetis), 400 m ilgio pylimas, skiriantis Nemuno dešiniojo kranto vagos dalį, du molai pylimo pietinėje pusėje, akmenimis grįsta Stoties gatvės dalis nuo geležinkelio stoties iki vandens matavimo stoties (XX a. pradžia), taip pat blaivybės idėjas skleidusios Mėlynojo kryžiaus draugijos pastatas (u. k. 1911).
Manoma, kad Smalininkai susikūrė XV a. pabaigoje kaip svarbus 1422 m. Melno taikos nustatytos sienos perėjimo punktas tarp Vokiečių ordino valstybės (nuo 1525 m. – Prūsijos kunigaikštystės, nuo 1701 m. – Prūsijos karalystės) ir Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės, o vėliau – tarp skirtingų valstybių sienų: nuo 1795 m. – Rusijos imperijos, 1871–1914 m. – Vokietijos ir Rusijos imperijų, 1939–1940 m. – Vokietijos ir Lietuvos Respublikos, 1940–1941 m. – SSRS. Vokiečių ordino laikais pro būsimuosius Smalininkus ėjo prekybos, vėliau – pašto kelias iš Karaliaučiaus į Kauną. Ilgą laiką Smalininkus sudarė Aukštogaliai, Vidkiemis ir Endriušiai. Smalininkai pažymėti 1701 m. išleistame Prūsijos karalystės žemėlapyje.
XIX a. pradžioje Smalininkuose veikė vyriausiosios muitinės valdybos būstinė, o 1847 ir 1873 m. paskelbti Smalininkų vandens muitinės nuostatai. Miestelis sparčiai plėtėsi XVIII a. viduryje, iš Nemuno aukštupio į Rytų Prūsiją pradėjus plukdyti medieną. XIX a. Smalininkai buvo vienas svarbiausių vidaus laivybos uostų ir upių laivų statybos centrų. Iki XIX a. pabaigos nuo Smalininkų žemyn buvo sureguliuota Nemuno vaga. 1878 m. pastatyta evangelikų liuteronų bažnyčia. 1902 m. nutiestas siaurasis geležinkelis Smalininkai–Pagėgiai (po Antrojo pasaulinio karo išardytas). Veikė keltas per Nemuną. 1912 m. Smalininkuose veikė celiuliozės pluošto, durpių kraiko ir briketų fabrikai, plytinė, uostas, geležinkelio galinė stotis, muitinė, kelios medienos gabenimo ir dvi garlaivių bendrovės, buvo trys viešbučiai ir trys restoranai.
Per Pirmąjį pasaulinį karą, 1914 m., Smalininkus užėmusi Rusijos kariuomenė apie pusę gyventojų ištrėmė į Rusijos gilumą. 1923 m. Smalininkai kartu su visu Klaipėdos kraštu prijungti prie Lietuvos Respublikos. XX a. 3–4 dešimtmetyje Smalininkuose veikė upinių laivų statykla, lentpjūvė, durpių kraiko įmonė, trys plytinės ir malūnas. 1935 m. pašventinta katalikų bažnyčia. 1939 m. Klaipėdos kraštą kartu su Smalininkais užgrobė nacistinė Vokietija, o žydų tautybės gyventojai pasitraukė į Lietuvą. Per Antrąjį pasaulinį karą, 1944 m., senieji gyventojai pasitraukė į Vokietiją arba buvo prievarta evakuoti. Po karo sovietų valdžia ištrėmė 26 gyventojus.
1945 m. Smalininkams suteiktos miesto teisės. Sovietinės okupacijos metais čia veikė suvenyrų ir galanterijos gamybos cechas bei tarybinio ūkio technikumas. 2018 m. patvirtintas Smalininkų herbas. 1950–1954 m. Smalininkai buvo apylinkės centras. Gyventojų skaičius įvairiais metais kito: 1880 m. buvo 709 gyventojai, 1925 m. – 905, 1959 m. – 1117, 1970 m. – 953, 1979 m. – 805, 1989 m. – 758, 2001 m. – 653, 2011 m. – 515, o 2021 m. – 852 gyventojai.
